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CAIMed is managed by a scientific Board of Directors and a management team. The Board of Directors is appointed by the Ministry of Science and Culture of Lower Saxony on the recommendation of the CAIMed Supervisory Board, dem von den Präsidien nominierte Mitglieder aller fünf CAIMed Partnerinstitutionen aus Hannover, Göttingen und Braunschweig angehören. Das Forschungszentrum wird durch einen unabhängigen, international ausgewiesenen wissenschaftlichen Beirat in seiner strategischen und inhaltlichen Ausrichtung beraten. Unter dem Dach des CAIMed arbeiten 13 interdisziplinäre Nachwuchsgruppen in den vier methodological clusters, which are mentored by the CAIMed consortium members . CAIMed is operationally managed by a central Office headed by the Managing Director.